Aeróbny mikroorganizmus je opísaný ako typ organizmu, ktorý nevyhnutne potrebuje na to, aby bol schopný žiť diatomický kyslík, klasifikuje sa ako fakultatívny aeróbny organizmus, keď môže alebo nemôže žiť s prítomnosťou kyslíka.
Adjektívum aeróbne nielen aplikovať na klasifikáciu organizmu, môže byť tiež používaný na opis prostredia alebo metabolické reakcie, označiť to názov "aeróbnom prostredí" a "aeróbneho metabolizmu" v tomto poradí, v oboch prípadoch sa kyslík Je prítomný v hojnom množstve (označuje sa ako mikroaerofilné prostredie, keď je v malom množstve kyslík, ale nie je prítomný), ako príklad aeróbneho metabolizmu možno uviesť fotosyntézuKyslík, ktorý dodáva veľké množstvo kyslíka do prostredia, ktorého kyslík využívajú eukaryotické bunky vďaka prítomnosti mitochondrií zodpovedných za vykonávanie bunkového dýchania.
Tento termín sa používa hlavne pri klasifikácii patogénnych mikroorganizmov, ako sú baktérie, aeobické baktérie, ako naznačuje ich priezvisko, majú potrebu obývať prostredie bohaté na dvojatómový kyslík, aby mohli včas rásť, množiť sa a diferencovať, to znamená, že sú druhom baktérií ktorí vykonávajú bunkové dýchanie, môžeme ich podľa potreby kyslíka rozdeliť do niekoľkých skupín: prísne aeróbne baktérie (obligátne aeróby), ktoré na vykonávanie svojich metabolických procesov potrebujú kyslík, fakultatívne anaeróbne baktérie môžu využívať kyslík a naopak pracovať aj bez neho, mikroaerofilné baktériepoužívajú kyslík v nízkych koncentráciách, aerotolerantné baktérie môžu žiť v prítomnosti kyslíka, ale nepoužívajú ho metabolicky.
