Tieto anaeróbne organizmy sú absolútne proti organizmom aerobic, že nepoužívajú diatomic kyslík pre rast, metabolizmus a diferenciáciu, tieto práce s inou zlúčeninu, čo miestu subklasifikace ak tieto mikroorganizmy pracovať s chemickú zlúčeninu s názvom pyruvát hovorí, že jeho Metabolizmus je fermentačný (používajú fermentáciu), na druhej strane je to iná látka ako pyruvát, ak hovorí, že ide o organizmus, ktorý vykonáva anaeróbne dýchanie.
Fermentácia spočíva v získaní chemickej energie z katabolického procesu a nedokončenej alebo neúplnej oxidácii organickej zlúčeniny. Podľa jej konečného produktu je možné ju klasifikovať na alkoholovú fermentáciu, pretože pri nej vzniká etanol, pri mliečnej fermentácii sa produkuje kyselina mliečna, okrem iného maslová fermentácia; anaeróbne dýchanie pozostáva z transportného reťazca pre elektróny, ktorý je zvyčajne podobný reťazcu aeróbneho dýchania, ale namiesto konečného prijímača je kyslík, v tomto prípade by to bola akákoľvek zlúčenina anorganickej povahy.
Rovnako ako existujú aeróbne baktérie, existujú aj anaeróbne baktérie, ktoré dokážu žiť bez kyslíka, niektoré z nich sa nachádzajú v ľudskom tele na miestach bez prítomnosti kyslíka, napríklad v hrubom čreve, kde fungujú ako hnilobné baktérie. Fekálne látky možno podľa odolnosti voči kyslíku klasifikovať ako: obligátne anaeróbne baktérie, ktoré nemôžu rásť v oblastiach s prítomnosťou kyslíka, pretože je škodlivý a môže spôsobiť jeho zničenie, aerotolerantné baktérie nikdy nebudú používať kyslík na svoje metabolické procesy ale môžu žiť v okysličenom prostredí, fakultatívne anaeróbymôžu použiť kyslík ako konečný akceptor elektrónov, ale ak sa nachádzajú v prostredí, kde nie je kyslík, použijú fermentačnú cestu.
