Vo vedeckej oblasti je metylénová modrá známa ako metyltionínchlorid. Je to farbivo, ktoré sa používa ako farbivo na pigmentovanie niektorých častí tela človeka pred alebo počas chirurgického zákroku. Lekári ho v zásade používajú ako antiseptikum a vnútorný kauterizátor.
Používa sa tiež ako farba na škvrny na pozorovanie uskutočnené mikroskopom a na farbenie výsledkov v laboratóriách, pretože je schopná zafarbiť moč a výkaly. Nakoniec sa používa aj pri liečbe na zníženie methemoglobínu. Medzi jeho vlastnosťou je to, že je prvok zložený z kryštálov, o jasný tmavo zelenej farby, je bez zápachu a nie je ovplyvnený vzduchom.
Môže sa ľahko rozpustiť vo vode a obozretne v alkohole a pri kontakte s nimi sa jeho farba premení na sýto tmavomodrú. Používa sa tiež na boj proti plesniam nechtov. Môže sa ním tiež natrieť biele oblečenie, keď je začína otáčať žltkastý.
V akvakultúre sa široko používa na liečbu infekcií u tropických rýb, je veľmi účinný v boji proti parazitom prvokov, ktorý spôsobuje infekcie rýb. V zásade sa používa na starostlivosť o vajcia, ktoré nedávno položili ryby, aby neboli infikované žiadnymi baktériami alebo hubami, je veľmi užitočné, ak ich chcete umelo inkubovať. Ľudia si môžu kúpiť metylénovú modrú bez lekárskeho predpisu. Spravidla sa používa ako lokálne antiseptikum.
