Katakomby vznikli v súvislosti s rímskymi katakombami, čo bolo meno, ktoré sa pôvodne dalo pomenovať po starom cintoríne, ktorý sa nachádza neďaleko Appianskej cesty. Pohrebné neviniatok (v blízkosti Saint-Eustache, v oblasti Les Halles) bol už v použití pre takmer desať storočí a stal sa zdrojom z nákazy pre miestnych obyvateľov. Po početných sťažnostiach sa Štátna rada 9. novembra 1785 rozhodla zakázať následné používanie Cintorína nevinných a vylúčiť jeho obsah.
Nevyužívané lomy boli vybrané na príjem pozostatkov; město Paríža práve dokončila všeobecnú inšpekciu lomov k posilneniu verejnej komunikácie ohrozujú nimi. Stavebné práce sa uskutočňovali v kameňolome „Tombe-Issoire“ s použitím veľkého množstva kameňa, spevnením galérií a dokončením výkopovým schodiskom lemovaným šachtou, do ktorej bolo možné hádzať kosti.
Presun pozostatkov sa mohol začať po požehnaní a posvätení miesta 7. apríla 1786 a pokračoval až do roku 1788, vždy za súmraku a po obrade, pri ktorom procesia kňazov v preplnení spievala službu zosnulým. na ceste pri vozoch naložených kosťami, ktoré zakrýval čierny závoj. Potom až do roku 1814 dostalo toto miesto pozostatky všetkých parížskych cintorínov.
K výberu podzemných vykopávok viedli aj ďalšie dôvody. V kresťanoch bol zmysel pre spoločenstvo prežívaný s veľkou silou: chceli tiež byť spolu vo „ sne o smrti “.
Podľa rímskeho práva bolo zakopanie zosnulého do hradieb mesta zakázané, všetky katakomby sa nachádzali pozdĺž veľkých konzulárnych ciest a vo všeobecnosti na vtedajších predmestiach.
Parížske katakomby sa znovu otvorili 14. júna 2005 po niekoľkomesačnom zatvorení stavby. Upravilo sa osvetlenie, klenby sa spevnili a kostné steny sa premiestnili.
