Predstavujú spojenie dvoch alebo viacerých aminokyselín prostredníctvom spojenia medzi pôvodnou látkou a peptidmi. V produktoch a v proteínoch tieto väzby súvisia s peptidovými väzbami a výsledkom reakcie karboxylovej skupiny s aminoskupinou inej za eliminácie molekuly vody.
Peptidové väzby (-Čo-NH-) je zvyčajne reprezentovaný ako jednoduché väzby. Bez toho však má niekoľko charakteristík, ktoré sa približujú ako dvojitá väzba. Pretože dusík je menej elektronegatívny ako kyslík, väzba CO má 60% charakter dvojitej väzby, zatiaľ čo väzba CN je 40%. Preto majú väzby CO a NC peptidovej väzby stredné charakteristiky medzi jednoduchou väzbou a dvojitou väzbou. V skutočnosti sú interatomické vzdialenosti merané vo väzbách CO a CN sprostredkovateľmi medzi jednoduchými spojeniami a dvojitou väzbou. Toto atómové usporiadanie je stabilizované rezonanciou, takže šesť atómov podieľajúcich sa na tvorbe peptidovej väzby je obsiahnutých v rovnakej rovine.
Ďalším dôležitým dôsledkom rezonancie je to, že zvyšuje polaritu peptidovej väzby a vytvára dipólový moment (pravý obrázok v tabuľke vyššie). Z tohto dôvodu sa každá peptidová väzba môže podieľať na dvoch vodíkových väzbách. V jednom z nich skupina -NH- pôsobí ako donor vodíka a v druhej skupine -CO- ako receptor vodíka. Táto vlastnosť významne prispieva k trojrozmernému skladaniu proteínov, ako uvidíme neskôr.
Čiastkové charakter dvojitej väzby zabraňuje voľné otáčanie väzby, ktorá spája atómy uhlíka a atóm dusíka v peptidové väzby. Táto tuhosť dvojitej väzby obmedzuje možnosti konformácie peptidov. Existujú dve možné konfigurácie:
- Konfigurácia Cis: dva Ca sú na tej istej strane dvojitej väzby.
- Trans konfigurácia: dva Ca sú na inej strane dvojitej väzby.
Je potrebné poznamenať, že vo všeobecnosti je peptidová väzba predstavovaná ako jednoduchá väzba. V každom prípade má niekoľko charakteristík, vďaka ktorým sa blíži k dvojitej väzbe. Preto špecialisti všeobecne spomínajú, že peptidová väzba má vlastnosti, ktoré ju umiestňujú na polovicu medzi jednoduchou väzbou a dvojitou väzbou.
