Hydrogenzómy sú najzvláštnejšie eukaryotické organely s najvyšším rastom na svete. Táto organela sa nachádza v cytoplazme, je zložená z dvojitého tkaniva, ktorého vnútorná membrána dáva vrcholový vzhľad. Hydrogenzómy sa vyvinuli z mitochondrií únikom elementárnych mitochondriálnych charakteristík, ako napríklad stratou ich genómu.
Veľkosť týchto organel je približne jeden priemer. Jeho hlavnou funkciou je zasahovať do procesu fermentácie metabolizmu niektorých bytostí vybraných za účelom získania ATP (molekula energie) za nedostatku kyslíka. Je potrebné poznamenať, že táto funkcia je podobná mitochondriálnemu dýchaniu uskutočňovanému anaeróbnymi mikroorganizmami. V nich sa rozkladajú kyseliny pyrohroznové, ktoré sú základnými molekulami v rámci metabolizmu. Nachádza sa presne v strede ciest získavania energie od každej živej bytosti. Rozklad kyseliny pyrohroznovej je proces, ktorý sa uskutočňuje pomocou hydrogénu, ktorý absorbuje CO2, octan, ktorý sa vylučuje do bunkovej cytoplazmy.
Vyššie vysvetlený proces teraz môže popísať vývoj mitochondrií, treba to však zistiť veľmi opatrne, pretože nie je presne známe, či sú mitochondrie a hydrogensómy organely, ktoré sa vyvinuli spoločne. Konkrétne by bolo potrebné preskúmať, či majú hydrogenzómy elektrónové transportné reťazce. To je jedinečne dôležité, pretože transport vodíka je narušený v procese dýchania. Teraz, ak obidve organely používajú podobné proteíny, je možné odvodiť, že sú spojené a porovnaním týchto proteínov s podobnými bakteriálnymi bude možné skutočne vedieť, či sú hydrogensómy odvodené z mitochondrií alebo či majú naopak nezávislý pôvod.
Na záver treba dodať, že k objavu týchto organel došlo v 70. rokoch.